Desde que el hombre comenzó a dispersarse, ha trasladado consigo especies animales y vegetales. Algunas fueron llevadas adrede como fuente de alimentos, de medicinas, o como medio de transporte; otras fueron transportadas en forma accidental. A estas especies que viven fuera de su rango de distribución natural se las conoce como especies exóticas. A veces algunas de estas especies pueden comenzar a vivir y reproducirse escapando al control del hombre y se las conoce como especies exóticas invasoras.

Las exóticas invasoras constituyen la segunda causa de extinción de especies a nivel mundial. Producen también grandes pérdidas económicas, problemas en la salud humana y al eliminar y reemplazar a las especies nativas, modifican los paisajes y con ellos a las expresiones culturales locales a las que éstos dieron origen.

A pesar de que el Iberá es un humedal muy extenso en buen estado de conservación, no ha escapado de las exóticas invasoras. Entre las más problemáticas podemos citar: cerdo cimarrón (Sus scrofa), ciervo axis (Axis axis) y ciervo colorado (Cervus elaphus), vacuno bagual (Bos taurus), perro (Canis familiaris) y gato doméstico (Felis catus), paraíso (Melia azedarach), ligustrina (Ligustrum sinense), fresno europeo (Fraxinus excelsior) y pinos (Pinus spp).

En ciertos sectores de la Reserva se cuenta con personas entrenadas en la caza de cerdos y ciervos. Se está trabajando en la introducción de nuevos métodos de control como la caza desde apostaderos en sitios cebados y la captura mediante corrales trampa. En relación al cerdo cimarrón se trabaja en una propuesta de control a nivel regional, aunando esfuerzos del estado, otras ONGs ambientalistas y productores rurales.

En cuanto a la vegetación, se desarrolla una fuerte tarea de erradicación del paraíso y la ligustrina en algunas reservas privadas y áreas bajo la supervisión de guardaparques de la provincia. Especialistas proponen el reemplazo de las plantaciones de pinos Elliotis por otras especies de pinos con menos capacidad invasora, además de introducir técnicas de manejo que eviten la invasión como por ejemplo, el desarrollo de cortinas de especies no invasoras en la periferia de las plantaciones de pino Elliotis.

Por otro las quemas controladas de no practicarse en forma planificada y responsable significan un riesgo para la conservación de Iberá. Los fuegos naturales son parte de la dinámica de pastizales y sabanas. La acumulación de gramíneas secas y las tormentas eléctricas traen aparejada la generación de fuegos  evitando que crezcan arbustos y otras herbáceas. Los productores hacen uso de las quemas para promover el rebrote de los pastos; las hojas tiernas de los brotes son más palatables y nutritivas para el ganado. Para evitar quemas fuera de control que dañe el ecosistema, es necesario planificar anticipadamente y presentar un plan siguiendo los protocolos propuestos por la Dirección de Bosques de la Provincia.